講述了唐高宗年間，閻立本偶遇狄仁杰蒙冤入獄事件，發現他是斷案奇才，后被委以重任，在好搭檔墨雨的協助下開始偵破一樁樁奇案的故事。

唐高宗年間，閻立本偶遇狄仁杰蒙冤入獄事件，在助其自救后發現他是斷案奇才，適逢皇上派他去感業寺查案，遂決定帶狄仁杰一同前往。

在感業寺狄仁杰偵破奇案，化解了一場佛門大劫，并與武媚娘結緣。

狄仁杰一鳴驚人被皇上派往并州，在此期間他屢破奇案，被稱為神判。

時有前朝鬼兵殺人事件，狄仁杰前去查看，發現與前朝寶藏及濮王李泰意圖造反有關，卻被毀滅證據無法繼續。

此時，發生武媚娘殺害親女，嫁禍王皇后之事，皇上召狄仁杰回長安調查。

根據武媚娘提供的線索，狄仁杰破獲此案，并在李泰的住所找到前朝寶藏，成為濮王謀反的確實證據。

而狄仁杰也知道，此前破案過程中每遇瓶頸時為他解惑的人竟是武媚娘，只覺武媚娘深不可測，野心更是超乎自己的想象。

果然不久唐高宗因風疾發作，讓武媚娘一同上朝，合稱二圣臨朝......