生于大海，守護大海，去往大海—— 那就是藍色人魚！ 

憧憬著守護海洋安全的職業“藍色人魚”進入橫須賀女子海洋學校的岬明乃，被任命為航洋艦“晴風”的艦長，和同班的成員一同參加海洋實習。 

本應是驅動艦船前往目的地的安全航海，但等待著她們的卻是接連不斷的危機。

來自教員艦突然的發炮、與失控的其他學生艦的戰斗、救難船的救護活動等等，她們歷經千辛萬苦地跨越了這種種困難，終于平安返回陸地，成員之間也由此結下了牢固的牽絆。 

騷動后過了1個月，正在享受考試假期的晴風成員遭遇了新的危機——晴風班將面臨解體。

晴風成員在大為動搖的同時，再度團結一致，最終阻止了班級的解體，更進一步加深了牽絆。

之后，晴風解體危機之后3個月—— 在橫須賀舉辦了包括吳、舞鶴、佐世保在內的全體女子海洋學校學生齊聚一堂、開展文化祭與體育祭的“競斗游戲會”，明乃等晴風班成員也為了準備歡迎祭而忙成一團。 

大和、信濃、紀伊等超大型艦的班級也都前來集會，就在各種各樣的演出與競技正火熱的時候，新的“危機”正向她們逼近……