令人感到十分諷刺的是，假面騎士滅亡迅雷再次成為了人類的敵人。  哉亞日本公司發生了大規模爆炸事件，而罪魁禍首竟然是滅亡迅雷站？面對新聞發布會上記者的質問，刃唯阿表示暫不做任何回應。上級也在不斷施壓，假面騎士巴爾坎（不破諫）與假面騎士瓦爾基里（刃唯阿）不得不做出抉擇。  理解人類和修碼吉亞兩方立場的不破諫與刃唯阿，都有各自的堅持，是為了守護所有生命而戰？還是為了自己的規則而戰？ 他們與假面騎士滅亡迅雷之間的戰斗究竟結果如何？