"具有強大力量的電子生命體——像素霸主誕生了！他麾下的干部“天線博士”率先來到現實世界，召喚出不同的像素怪人，通過城市破壞來搜集經驗值，讓像素霸主能夠降臨世間，統治世界！ 為了守護地球安全，迷你特工隊使用全新裝備“超次元召喚器”來對抗像素霸主！被稱作“天才玩家”的人類男孩小凱，意外激活了超次元召喚器的真正力量！并且，憑借自身的強大能量和玩家經驗，小凱能夠為迷你特工隊充能、提升戰斗力，破解像素怪人作亂的招式，雙方逐漸成為默契十足的搭檔！