隱藏在每天交替時刻的狹縫中的時間，“影時間”。每當影時間來臨，世界便停止運轉，人們化為靜立的棺木。之后，異形的怪物“Shadow”便現身破壞。能夠與之對抗的，只有能夠使用“Persona”這種特殊能力的人類。轉學到私立月光館學園的少年結城理覺醒了Persona的力量，之后被前輩桐條美鶴邀請加入“特別課外活動部”。在那里聚集的，都是同樣擁有力量的Persona使用者。他們為了各自的目的追尋著影時間的真相，并與難以想像的命運展開了對峙......