《忍者龜》新系列的故事發生在紐約曼哈頓，在熱鬧的市區的地下水道里，生活著主人公：四只少年忍者龜和一只六英尺高的老鼠——他們的老師斯普林特。 　　某一天，作為人類的斯普林特不幸遭受了一種神奇綠色物質的輻射，變異成了一只老鼠，而他隨身攜帶的四只寵物龜也開始發生了變化......