在科技發達的未來，網絡上流傳著一種真假不明、被稱為“全息幽靈”的奇怪現象。

初中一年級的天之河宙因為啟動了父親留下的被稱為“數碼暴龍機”的神秘設備，開始能看到大家看不見的未知生物“數碼寶貝”。

父親將一只頑皮的數碼寶貝“伽馬獸”托付給宙，自那天起，宙便被卷入了各種奇怪的事件之中……