1969年7月16日，3個美國人乘“阿波羅”11號飛船升空，開始了登月之旅。然而《月球大冒險》則將告訴你一個圍繞著這次登月你所不知道的故事：故事講述了三只憨態可掬的小蒼蠅奈特、智能博士以及斯庫特，一直夢想著要完成一件驚天動地的大事。奈特的爺爺阿莫斯曾經跟奈特講過自己藏在著名女飛行員艾米麗特的飛機上，與其一起飛躍大西洋的故事。爺爺的英雄事跡一直激勵著奈特想要去冒險的心。當聽說人類要在佛羅里達州的火箭發射基地發射一艘名為“阿波羅11號”的飛船，要飛向遙遠的月球時，奈特便想到了要做第一個登上月球的蒼蠅。于是，他找來兩位死**智能博士和斯庫特，一同計劃著如何搭上阿波羅11號飛船登上月球，從而名垂青史……經過一番周折后，奈特它們終于成功的登上了月球，成為首個登上月球的蒼蠅，并利用自己的聰明才智幫助宇航員解決了飛船遇到的問題。在大家都在歡慶勝利，并準備返回地球時，潛藏在基里的幾只俄羅斯蒼蠅，卻在醞釀著破壞阿波羅11號返回地球的航程。在這危急關頭，蒼蠅爺爺阿莫斯帶領家族成員經過一翻搏斗，及時制止了它們的陰謀，阿波羅11號得以順利的返回地球，在人類創造歷史的同時，小蒼蠅奈特也成為了動物世界的英雄。