不久的將來，網絡黑客尼奧對這個看似正常的現實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂，并見到了黑客組織的首領墨菲斯。墨菲斯告訴他，現實世界其實是由一個名叫“母體”的計算機人工智能系統控制，人們就像他們飼養的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。