日本戰國時期，分屬不同大名的忍者集團也在暗處進行著角力。

在一個月朗星稀的夜晚，伊賀忍者耶麻汰、陣內、老鼠等人執行刺探任務時意外與對手相碰，期間天空中忽然飄過一個巨大的火球，令眾人頗感意外。

耶麻汰等回到村中后，在首領的指示下又去森林中探查火球的真相。

途中他們邂逅同屬一派的凜林及其同伴，眾人結伴同行。

結果在密林中，伊賀忍者們遭到不明生物的襲擊。

對方敏捷迅速，殺傷力巨大，忍者們接二連三遇害。

耶麻汰、陣內、凜林等人雖僥幸逃出，殊不知來自外星的異型正大肆繁衍。 

一時間，伊賀村落慘遭荼毒，耶麻汰等也面臨前所未有的挑戰……